С монографията си „Поп Богомил и неговото време“ (1927) се присъединява към българските автори от първите десетилетия на ХХ век, които се стремят да опровергаят мита за „лошите богомили“ и да утвърдят в българската историография тезата за богомилството като положително обществено явление. Клинчаров разкрива плодотворното влияние на богомилството върху българската държавност и го свързва с успехите, постигнати от България през ХІ-ХІІ в.